发现新的microRNA分子目前的策略可概括为小分子RNA富集纯化、末端修饰及连接已知序列、克隆、测序，并通过分子生物学相关方法确认。
microRNA新基因的预测及注册程序
研究者根据microRNA的两个特点进行预测和验证：
- 物种间高度的序列保守性
- microRNA前体呈茎-环结构
microRNA生物信息学预测基本原理：
- 利用已知microRNA前体序列对目标物种的全基因组正反链序列进行同源性扫描
- 获得大量同源性由高到低的候选基因序列
- 筛选这些基因序列（通过各种RNA二级结构分析及预测软件结合动力学分析）
目前研究者多使用如下软件和网络资源对候选microRNA基因序列进行二级结构分析和新序列筛选：
MiRscan
MiRscan以已被实验验证的50对线虫pre-microRNA茎-环结构序列数据库为基础，对microRNA序列对进行二级结构分析，并通过评分来判断其为新microRNA的可能性大小。
MiRscan是较简单的RNA二级结构预测程序，应用范围有一定局限性：只能分析与50对线虫pre-microRNA茎-环结构同源的序列。
RNAfold
RNAfold是RNA研究领域最常用的二级结构分析程序，其序列提交长度可达7000bp，还可设置相关动力学系数。
其他microRNA二级结构预测网络资源
新microRNA的注册
主要在“microRNA Base”网站进行注册。
microRNA新基因的克隆及鉴定方法
略