microRNA学习笔记（四）——microRNA新基因的预测、克隆鉴定及注册

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  研究者根据microRNA的<strong>两个特点</strong>进行预测和验证：
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<ul>
  <li>
    物种间高度的序列保守性
  </li>
  <li>
    microRNA前体呈茎-环结构
  </li>
</ul>

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  microRNA生物信息学预测基本原理：
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  <li>
    利用已知microRNA前体序列对目标物种的全基因组正反链序列进行同源性扫描
  </li>
  <li>
    获得大量同源性由高到低的候选基因序列
  </li>
  <li>
    筛选这些基因序列（通过各种RNA二级结构分析及预测软件结合动力学分析）
  </li>
</ul>

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  目前研究者多使用如下软件和网络资源对候选microRNA基因序列进行二级结构分析和新序列筛选：
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  <a href="http://genes.mit.edu/mirscan/" target="_blank">MiRscan</a>以已被实验验证的50对线虫pre-microRNA茎-环结构序列数据库为基础，对microRNA序列对进行二级结构分析，并通过评分来判断其为新microRNA的可能性大小。
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  MiRscan是较简单的RNA二级结构预测程序，应用范围有一定局限性：只能分析与50对线虫pre-microRNA茎-环结构同源的序列。
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  <a href="http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi" target="_blank">RNAfold</a>是RNA研究领域<strong>最常用</strong>的二级结构分析程序，其序列提交长度可达7000bp，还可设置相关动力学系数。
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<ul>
  <li>
    <a href="http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/" target="_blank">Vienna RNA Package</a>
  </li>
  <li>
    <a href="http://unafold.rna.albany.edu/?q=dinamelt" target="_blank">the DINAMelt Server</a>
  </li>
  <li>
    <a href="http://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold" target="_blank">Mfold-3.2</a>
  </li>
</ul>

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  主要在“microRNA Base”网站进行注册。
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  略
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