microRNA分子生物学试验方法是参照传统基因研究方法结合microRNA自身特点建立的，这类方法侧重于：
- 发现新microRNA基因
- microRNA表达检测
- 阐释功能机制
发现新microRNA基因主要有三种方法：
- 正向遗传学分析（线虫、果蝇）
- 定向克隆（小鼠、人类）
- 生物信息学软件分析（特殊细胞内低水平表达的microRNA基因）
microRNA表达分析方法（第五章详细介绍）
microRNA表达水平高低及其对下游靶基因的调控均对microRNA行使特定功能具有重要意义，microRNA表达失控会导致机体病理状态的出现。
对microRNA表达的研究主要有以下几种方法
- 基因芯片
- PAGE/Northern Blot
- PCR方法
几种方法互为补充，描绘不同组织、不同发育阶段、生理或病理状态下的microRNA表达谱，提供microRNA的表达特征和表达失控情况等信息。
microRNA体外或体内水平的过表达研究（第六章详细介绍）
过表达：基因表达受到各种内外信号的精确调控，一旦这种调控机制的任何一个环节出现问题就会失控，有可能表现为表达过度，即该基因被过度的转录、翻译，最终基因表达产物超过正常水平。
研究基因功能的厨师步骤是提高该基因的表达水平，检测过表达所引起的细胞表型变化，初步阐释其可能的功能。
microRNA表达抑制研究（第七章详细介绍）
基因功能研究中使用多种过表达方法，但存在一定局限性，这需要辅以基因表达抑制的策略确认。
体外验证microRNA作用的靶基因（第八章详细介绍）
有很多分析microRNA靶基因的软件，综合使用可以降低分析误差，通过软件分析得到的靶基因结果需分子生物学实验加以验证。
microRNA的报告基因系统是microRNA靶基因研究中的一种常用辅助手段，常被用于检测单个microRNA的抑制情况及验证microRNA的靶基因。
报告基因：一种编码可被检测的蛋白质或酶的基因，也就是说，是一个表达产物非常容易被鉴定的基因。